1. Menyusun perencanaan pembangunan yang terintegrasi dan berkelanjutan guna memastikan keselarasan antara pembangunan sosial, ekonomi, dan lingkungan hidup.
2. Melakukan penelitian dan pengembangan yang inovatif untuk menghasilkan kebijakan berbasis data dan bukti yang dapat meningkatkan efektivitas pembangunan daerah.
3. Mengoptimalkan kerja sama dengan berbagai pemangku kepentingan termasuk pemerintah, swasta, dan masyarakat, untuk mendukung pelaksanaan pembangunan yang partisipatif dan inklusif.
4. Meningkatkan kapasitas sumber daya manusia dan teknologi dalam perencanaan, penelitian, dan pengembangan untuk meningkatkan daya saing daerah.
5. Memastikan monitoring dan evaluasi pembangunan yang transparan dan akuntabel guna mencapai hasil yang optimal dan sesuai dengan rencana.

Misi-misi ini bertujuan untuk menciptakan pembangunan yang terpadu, adaptif, dan berkelanjutan sesuai dengan visi Bapelitbang.